微生物検査室では、菌の特定（培養検査）と薬に対する感受性検査を全自動同定感受性検査システムを使用し専任技師が実施しています。また、結核菌の遺伝子を検査材料から直接検出するPCR検査を採用し、結果報告までに必要な時間の短縮を図っています。
近年、ＭＲＳＡやカルバペネム耐性腸内細菌・多剤耐性緑膿菌などの薬剤耐性菌が話題となっていますが、感染症は他にもさまざまな菌が原因となり引き起こされます。原因菌の特定と有効な薬（抗生物質）の選択は治療に欠かせません。また、病院内での院内感染対策への情報発信源として定期的なデータ集計や病棟ラウンドなどの活動にも専任技師が係わっています。
